Nuestros Héroes, Ash, Brock y Misty, llegan a la Ciudad AltoMare una mágica ciudad acuática llena de laberintos y canales, considerada la Capital Acuática del Mundo.

Esta Película tiene como protagonista a los Pokémon Legendarios, Latios y Latias. Éstas aves Legendarias son las encargadas de proteger una valiosa y peligrosa Joya, que muy pocas personas entienden su inmenso Poder, llamada “La Lágrima del corazón” (que en ingles seria “The Droplet of Heart“). Esta valiosa joya es la encargada de mantener el equilibrio Climático de esta Región.

Pero los villanos de esta Película, Zanna y Rion, roban esta poderosa y valiosa joya, y comienza una Gran Crisis, y la ciudad empieza a inundarse.

Ahora, es el Turno de nuestros Héroes salvar esta ciudad y rescatar la joya de manos de Zanna y Rion, para que la ciudad no se inunde y sea destruida. ¿Podrán Ash y sus amigos rescatar la joya y devolverle la paz a esta Ciudad?.