La película empieza dando una introducción donde Brock cuenta todo lo que ha en el pasado con Ash, después se sitúa en pasado un persecución de un Scyther y un Houndoom contra Celebi en la cual esta al mando un Cazador Pokémon. Un chico esta apunto de entrar al Bosque pero es detenido por una joven que le explica que debe tener cuidado con la Voz del Bosque porque lo puede hacer viajar en el tiempo y después le regala un panecillo hecho de frutas. Cuando el Cazador ya está a punto de capturar a Celebi aparece el chico llamado Sammy y lo impide, rápidamente Celebi va a los brazos de Sammy y tratan de huir, en cierto momento a Sammy se le cae un Cuaderno, en ese momento Celebi realiza un viaje en el tiempo llevándose a Sammy consigo.

Cuarenta años pasaron desde ese incidente, y un miembro del equipo Rocket va a cuestionar al Cazador que intento capturar a Celebi (que ahora ya es un anciano), acerca de Celebi, pero este no le quiere decir nada hasta que el miembro del Equipo Rocket le muestra una Negra Ball y procede a capturar a un Tyranitar, esta bola captura a cualquier Pokémon es similar a una Master Ball solo que esta convierte al Pokémon capturado en malvado y le da mucho más poder, procede a sacar a su recién capturado Tyranitar, al cual le ordena hacer un Híperrayo, a lo que el Pokémon contesta con una serie de este ataque a cualquier lugar demostrando el gran aumento en su poder. Esto causa gran miedo en el viejo Cazador que decide mostrarle el lugar donde encontró a Celebi.

Después sale Ash teniendo un combate con el mejor entrenador del pueblo en el que esta, el cual elige un Croconaw, al que le hace frente Pikachu derrotándolo con su impactrueno. De pronto llega el Crobat de Brock y Ash recuerda que se le ha olvidado que el barco que tomara esta a punto de salir, así que corre deprisa y tiene que arrojarse del muelle para poder alcanzar la mano de Brock que ya esta en el Barco, pero no lo logra y cuando ya casi cae al mar es sostenido por el encargado del Barco.

El chico del barco les cuenta que arriba del Río viven Pokémon muy raros y promete llevarles en su lancha, en ese momento Pikachu ve un Pokémon Raro en las orillas (Suicune), y luego todos se percatan causando que este huya. Después Ash le cuenta por el Telecomunicador al Profesor Oak el cual les muestra una imagen del posible Pokémon a lo que ellos confirman que era ese, el les dice que es un Suicune, un Pokémon Legendario y que se sabe muy poco de el, y les habla de las leyendas que hay sobre de el y les cuenta que una vez vio a un Suicune, de pronto llega el chico del Barco y les dice que se vayan de prisa. Mientras que el Prof. Oak se queda pensativo y dice que era mejor haberle dicho algo antes de que contara.

Como lo prometió, el chico lleva a Ash y sus amigos en su lancha, al mismo tiempo Jessie, James y Meowth los están espiando desde un tipo de aviador que se mueve con pedales de bicicleta, de repente a Jessie la da un calambre y deja de pedalear, lo que hace que se los lleve el viento. De repente Ash y compañía encuentran un obstáculo en su camino: Una Cascada con la que están a punto de estrellarse, pero vaya sorpresa la lancha saca globos aerostáticos y esto ocasiona que puedan volar la cascada. Continúan su camino volando hasta llegar a Arbolandía (un lugar donde hay puentes y casas en los árboles).

Part 1
(Proximamente partes 2 y 3)