Comienza cuando el profesor Lund, su asistente Yuko y su hijo Tory Lund esta haciendo una investigación durante el invierno de Hoenn. Sin embargo, la aparente calma es interrumpida cuando un meteorito impacta en la zona. Este suceso marca la llegada de un extraño Pokémon, Deoxys.

El legendario Rayquaza, no muy contento con la presencia del recién llegado, se entabla en una dura batalla con él donde Deoxys es desintegrado ante un poderoso ataque del dragón. Solo queda una llamativa gema verde, que es rescatada por el profesor Lund.

Cuatro años después del suceso, nos situamos en la ciudad Rousse, donde Lund efectúa una serie de experimentos con la gema. Junto a sus colaboradores determinan que la gema reaccionará ante una gran cantidad de energía, que ellos no pueden conseguir. Mientras tanto; Ash, Brock, May y Max llegan a la ciudad, sorprendidos por los grandes avances tecnológicos que formar parte de su paisaje urbano.

El Equipo Rocket también está presente en la ciudad. Ash conoce a Tory al momento de dirigirse a una arena de batallas, donde Tory accidentalmente deberá, junto con Ash, enfrentarse en un duelo 2 a 2 contra poderosos entrenadores.

Luego de la batalla, nuestros amigos tienen la oportunidad de conocer al profesor Lund y su asistente Yuko.
Luego Deoxys (del tradicional color púrpura) hace una aparición repentina sobre la ciudad.

 La presencia de Deoxys atrae nuevamente al legendario Rayquaza, lo que alerta a los habitantes de la ciudad Rousee. Lund y Yuko descubren que la presencia de este Pokémon se debe a la repentina aparición del supuestamente aniquilado Deoxys, y recordando lo sucedido años atrás, la situación puso podría poner en peligro la ciudad y sus habitantes.
Deoxys alertado de la presencia de Rayquaza, crea una barrera de energía que deja aislada a la ciudad y bloquea todos los sistemas automatizados. Esto deja atrapada dentro de la ciudad a muchas personas, incluidos el Equipo Rocket, Tory, Ash y compañía. El Pokémon ADN ahora empieza a crear sombras de sí mismo, que atrapan a todas las personas y las llevan a un lugar desconocido.

En los intentos de comprender que está sucediendo, Yuko estudia la energía que emana Deoxys, donde descubre que es muy similar a la gran cantidad de energía necesaria para hacer reaccionar la gema. Por la tanto, junto a Ash y compañía, buscan la gema en poder de Lund y tratan de otorgarle la máxima energía posible según la predicción de Yuko. Lo logran, y esto a origen a un nuevo Deoxys, llamativamente de color verde.
Este Deoxys va al enfrentamiento de Rayquaza y Deoxys para parar la lucha, al ver que el Deoxys púrpura que su amigo Deoxys (verde) regreso, quiso dejar de pelear, pero no pudo y Rayquaza continúo con la batalla.

Después de eso, la tecnología de la ciudad comenzó a inundarla todo por miles y miles de cubos. Rayquaza quedadonse atrapado lo salvaron los dos Deoxys y Rayquaza dejo de pelear mientras Ash y Tory buscaban la forma de detener a la computadora que estaba destruyendo la cuidad el padre de Tory (el profesor) le dice que use su identificación y ahí va Ash y Tory a salvar la ciudad Tory no lo logra y lo deja en las manos de Ash, quien logra salvar la situación.
Después de eso Tory deja de sentir temor de los Pokémon y juega con ellos, los Deoxys se van y Rayquaza también luego nuestro héroes dejan la ciudad Rousse.